Хөдөө Аж Ахуйн Их Сургууль 1993-1994 оны хичээлийн жилээс магистр, докторын анхны сургалт эхэлсэн ба 1997 онд Магистр, докторын сургалтын алба нэртэй нэгж анх байгуулагдсан.

• 2004 онд Магистр, докторын сургууль
• 2007 онд Магистр, доктор, мэргэшлийн зэргийн сургууль
• 2014 оноос Магистр, докторын сургууль нэртэйгээр үйл ажиллагаагаа явуулж байна

Хөдөө Аж Ахуйн Их Сургуулийн “Амьдралын ухаан, байгаль орчны тэргүүлэх чиглэлээр шинжлэх ухаан, сургалт, үйлдвэрлэл, бизнесийг хосолсон бүс нутгийн манлайлах их сургууль болно” гэсэн эрхэм зорилгын хүрээнд суралцагчдыг шинжлэх ухааны судалгааны ололтуудтай танилцуулан, орчин үеийн дэвшилтэт техник, технологийг ашиглаж бие даасан судалгаа хийх дадалд сурган олон улсад хүлээн зөвшөөрөгдсөн мэргэжилтэн, судлаачдыг бэлтгэхэд оршино.